（一）注册认证问题
认证简单是C2C模式存在的一个根本性问题，C2C几乎所有的问题都来源于此。注册认证一家网络店铺，只需要任意一张身份证和与此身份证对应的银行账号、E-MAIL等几个要素，用户到一家C2C网站上注册一个ID，然后按部就班操作，三天之内即可完成认证。店主出售什么货物，货物的质量如何及货物来源于何处，网站并没有严格的审核机制，只能寄希望于店主的自律。至于买家，连身份认证也不需要，注册网站的ID就可购物，“买而不款”的现象十分严重。
如此认证，作为网站发展的优势是“简捷”，若涉及到安全问题、诚信问题却显得“简易”，加之网络的虚拟性和隐蔽性，C2C服务平台更容易成为“销赃场所”、“诈骗场所”、“违约场所”，出了问题往往连肇事者都找不到，而肇事者则会很容易的另找一身份证，轻松注册一家新店铺继续经营。
（二）税务交纳问题
1.流转税的流失问题。根据《2006年中国C2C网上购物调查报告》显示，网络店铺经营者身份有如下几种：不以赚钱或经营为目的的个人；将网上开店作为第二职业的个人；全职或专职的自雇自谋职业者；已为网上店铺专门注册了公司的网商；向网上拓展营销渠道的企事业单位；其他。其中以营利为目的的个人用户和网商占到网络店铺经营者的大部分，淘宝网为80%左右，易趣为60%左右，拍拍网为70%左右。
我国《税务登记管理办法》明确规定：企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位，均应当办理税务登记，并按规定开立银行账户，领购发票，依法纳税。网店与实体店铺相比，除了经营场所不同，二者没有任何实质性的区别，所以用户都应该是纳税人，履行纳税人义务。而淘宝网已经通过工商注册的用户仅为3.4%，易趣为6.6%，拍拍为2.6%，也就是说绝大多数的应税经营者都不缴税。
2.个人所得税流失问题。我国约有15万人在网上全职或兼职经营C2C网店，由于经营网络店铺成本低，不需要店租、管理费、水电煤气费等费用，很多卖家又有独特资源或渠道，收益都不错。据估算，他们每月从中获利超过2000元，这一数字远高于2006年我国城镇居民月均收入，甚至有些网店年利润已经超过百万元，然而绝大多数卖家都未缴纳个人所得税，这无疑造成了国家税收的大量流失。
（三）金融风险问题
1.“休眠账户”里沉淀资金的安全问题。各C2C服务网站都要求所售商品采用自己提供的第三方支付工具进行交易，从前文C2C交易流程不难看出，从第一步到第四步，货款一直留在服务提供商的账户里，事实上形成“休眠账户”及沉淀资金。根据估算，“现在几个网上支付机构平常每日的沉淀资金有3亿至5亿元，甚至更多”。如淘宝网从2006年10月开始，对所有在其网上发布的商品实行默认支持支付宝交易，发布的商品中明确支持支付宝的商品也已经达到99.05%，而淘宝网的日交易平均额已经超过三千万元，加上以支付宝作为支付系统的15万家外部网店，淘宝网的支付宝帐户总是留有大量沉淀资金。
然而，休眠帐户里资金产生的利息并不为资金的所有者占有，这显然不合理。同时，种种迹象表明，各C2C网站正利用这部分资金进行投资，客观上使得这部分资金处于风险之中，一旦网站资金链出现断裂后果将很严重。
2.利用第三方支付工具套现的问题。如果买家和卖家串通好进行虚假交易（实际上买家卖家往往为同一人），即双方没有任何的实质性交易，只是利用第三方支付工具从信用卡透支完成交易，卖家将收到的货款还给买家，买家再利用这笔货款投资，很明显这突破了各个银行对信用卡的限制。据悉已经有人凭此大量套现并将套现的资金投入了股市，这显然会给金融系统带来冲击，给银行带来风险。
3.利用第三方支付工具洗钱的问题。洗钱（Money Laundering），指隐瞒或掩饰犯罪收益的真实来源和性质，使其在形式上看似合法的行为。通俗地讲，就是把“不干净”的非法收入变成“干净”的钱。有了游离于金融系统监管之外的C2C交易模式和第三方支付工具，不法分子可以利用漏洞从容地完成虚假认证，然后进行虚假交易，摆脱有关部门对资金流向的控制，从而达到洗钱的目的。这和传统意义上利用合法公司进行洗钱相比，有着监管松、成本低、隐蔽性好的优势，所以问题也更加严重。
（四）相关法律法规问题
1.C2C模式架空了现有的相关法律法规。注册、经营一家实体店铺需要经过严格的工商注册、税务登记等程序，如我国《个体工商户工商登记程序》规定，个体工商户的设立除要提交申请人本人身份证明外，还要提交经营场所证明，并对个体工商户的设立、变更、注销登记都做出了明确说明。但是在C2C模式中，店铺的注册、登记、注销与工商、税务以及卫生、防疫部门全然无关，完全由各网站来决定，网站依靠自身的资金优势、营销优势从相关部门手中夺取了经营准许的权利。
2.C2C模式游离于法律监管之外。由于网络交易的特殊性，C2C交易缺乏相关法律的规范，我国至今没有一部法律可以对应地解决C2C或是电子商务交易中出现的问题，法院需要参照《合同法》、《税法》、《民法》、《刑法》等多种法律来综合裁决。因此在某种意义上讲，C2C等电子商务游离在法律监管的边缘。