我国政府采购预算管理起步较晚，尚处于探索和完善阶段，在实践过程中，还存在着不少的问题，主要表现在：

　　1、一些部门和单位对政府采购政策还不太了解，在编制政府采购预算时存在漏报等行为；或对政府采购预算编制不重视，导致在部门预算审核过程中出现一些明显属于政府采购范围的项目不实行政府采购的现象。
  

　　2、各级、各单位财政状况的差别使政府采购预算范围及标准的确定较难统一，政府采购预算在执行中存在着一定的随意性，长期以来人们已经形成了分散采购管理习惯，对目前实行的政府采购程序很不适应，在政府采购预算执行过程中出现了预算归预算，执行归执行的问题。
  如公开招标采购比例偏低，采购过程透明度不高，采购项目结构单一，制度建设、机构建设、基础档案资料建设与保管、政府采购管理人员的配备等政府采购基础工作还需进一步加强等。

　　3、在政府采购预算制度建设与执行方面，政府采购预算的编制缺乏必要的依据，政府采购预算不完整，预算单位利用预算外资金和自筹资金进行的采购还有相当部分没有纳入政府采购预算，政府采购预算环节的管理、采购执行环节的管理和公共性资产管理之间没有能够实现信息共享，缺乏相互间协调和配合。
  在政府采购实际操作中，部分用户单位不顾实际需要，随意提高采购标准和档次，导致价值数万元的电脑被当作打字机，高级彩色复印机“大材小用”地被当作一般复印机使用等现象大量存在。

　　4、政府采购预算与部门预算没有同步编制，结果形成二者间的脱节，造成政府采购预算执行过程中没有资金保证。
  政府采购预算编制简单粗糙、敷衍塞责。编报政府采购预算，对采购预算金额的确定基本上不以“市场价”为参照依据，而是人为地以一个整数来估算、公共支出项目不能细化到政府采购集中采购目录，有的编报的采购项目不符合国家相关政策规定，或单位根本无财力进行采购。
  政府采购资金来源没有保证，预算执行中随意性较大。